从感染HIV到艾滋病终末期是一个漫长、复杂的过程，在这一过程的不同阶段，临床表现各不相同。根据感染HIV后的临床表现及症状严重程度，将艾滋病的全过程分为急性期、无症状期、艾滋病期三个时期。
急性期
该期发生在感染后2-4周，人体对HIV产生免疫应答，53%〜93%的感染者出现HIV 病毒血症和免疫系统急性损伤所致的临床症状，如发热、盗汗、恶心、呕吐、腹泻、咽痛、头痛、 肌痛、关节痛和淋巴结肿大等类似上呼吸道感染症状，症状持续1〜3周后自然消失。一般出现上述症状3〜4周后，血清HIV抗体检测逐渐转阳，95%感染者会在6个月内转阳。
无症状期
无症状期可以从急性期发展演变而来，或者没有明显的急性期症状而直接进入此期。 本期临床上没有明显症状，病毒载量稳定在较低的水平，病毒在体内不断复制，免疫系统不断受损，血清中能检出HIV以及HIV抗体，CD4+ T淋巴细胞呈进行性减少，降低速度为 50〜100个/μL•年。无症状HIV感染期持续时间较长，一般为6〜10年，平均8年。时间长短与HIV的数量和型别、感染途径、个体免疫状况等因素有关。
艾滋病期
前两个时期通常持续数年（0.5~20年，平均7~10年），感染者的免疫系统被大面积破坏，血浆HIV病毒载量明显升高，CD4+ T淋巴细胞数量明显减少（＜200个/μL），出现持续或间歇性的全身不适症状，罹患机会性感染以及肿瘤。
全身症状包括持续性全身淋巴结肿大、低热、夜间盗汗、乏力、厌食、反复间歇性腹泻、体重减轻等。其中，淋巴结肿大的部位常出现在腋窝、颈部、腹股沟，直径在1 cm以上，质地柔韧，无压痛，无粘连，能自由活动。
机会性感染侵犯黏膜与皮肤，表现为口腔白斑、口疮、牙龈炎，皮肤带状疱疹、生殖器疱疹、皮肤真菌感染、皮炎等。机会性感染还会累及多个脏器，表现为卡氏肺抱子虫肺炎、肺部念珠菌病、肺结核、弓形虫脑病、肠炎等。发生机会性感染后，患者的一般健康状况迅速恶化，严重机会性感染患者的平均存活期仅为9个月。
艾滋病相关肿瘤多为恶性肿瘤，主要有卡波西肉瘤（Kaposi’s sarcoma）、淋巴瘤、皮肤黏膜鳞癌等。其中，卡波西肉瘤发生率为20%〜30%，是艾滋病患者死亡的重要原因之一。好发部位为皮肤和上消化道黏膜、淋巴结周围，为多发性硬结节，呈紫红色，稍微隆起，逐渐向四周扩大，常侵犯肝、脾、肠、肺、脑等器官。出现卡波西肉瘤后，艾滋病患者的存活期一般为1〜1.5年。